La nécessité d'une aquaculture durable a encouragé la recherche sur l'utilisation des probiotiques sur les organismes aquatiques. L'intérêt initial était centré sur leur utilisation comme promoteurs de croissance et pour améliorer la santé des animaux ; cependant, de nouveaux domaines ont été découverts, comme leur effet sur la reproduction ou la tolérance au stress, bien que cela nécessite un développement scientifique plus approfondi.

La croissance de l'aquaculture en tant qu'industrie s'est accélérée au cours des dernières décennies, ce qui a entraîné des dommages environnementaux et une faible productivité de diverses cultures. La nécessité d'accroître la résistance aux maladies, la croissance des organismes aquatiques et l'efficacité alimentaire a entraîné l'utilisation de probiotiques dans les pratiques aquacoles. La première application de probiotiques a eu lieu en 1986, pour tester leur capacité à augmenter la croissance des hydrobiontes (organismes qui vivent dans l'eau). Plus tard, les probiotiques ont été utilisés pour améliorer la qualité de l'eau et contrôler les infections bactériennes. De nos jours, il existe des preuves documentées que les probiotiques peuvent améliorer la digestibilité des nutriments, augmenter la tolérance au stress et encourager la reproduction.