Pourquoi Bacillus Subtilis est-il si largement utilisé ? PARTIE 2
"Les travaux de ces dernières années ont transformé notre vision de ce que B. subtilis peut faire dans le tractus gastro-intestinal des animaux. Dans le passé, B. subtilis était considéré comme un aérobie obligatoire qui transitait simplement par le tractus gastro-intestinal principalement anaérobie sous forme de spore. Par conséquent, tout avantage découlant de sa consommation était considéré comme étant dû à une propriété intrinsèque de la spore. Des preuves récentes suggèrent cependant que B. subtilis peut compléter son entièretécycle de vie dans le tractus gastro-intestinal allant de la spore à la cellule végétative et sporule à nouveau. En fait, la croissance dans le tractus gastro-intestinal doit être suffisamment robuste pour pouvoir supplanter les agents pathogènes tels que E. coli dans le tractus gastro-intestinal des volailles lorsqu'il est administré par voie orale." En résumé, les données actuelles suggèrent que de B. subtilis l'ubiquité apparente n'est pas uniquement une conséquence de la persistance des spores dans ces environnements. Plutôt B. subtilis semble se développer dans divers environnements, y compris les sols, sur les racines des plantes et dans le tractus gastro-intestinal des animaux. (Earl, Losick, Kolter, 2008).
Que peut nous apprendre la génomique B. subtilis écologie?
Aujourd'hui, nous nous trouvons dans un âge d'or de la génomique grâce à des méthodes de plus en plus simples pour générer, assembler et analyser de grandes quantités d'informations de séquence. Nous n'avons plus besoin de nous fier uniquement à la géographie de l'isolement, aux comportements en laboratoire ou aux rapports anecdotiques pour obtenir une image de l'écologie d'une espèce. De plus, nous pouvons étudier les gènes présents ou absents dans n'importe quelle souche d'intérêt. L'identité des protéines censées être codées dans le génome d'un organisme peut révéler beaucoup de choses sur le mode de vie de cet organisme et les habitats où il réside. La séquence du génome de B. subtilis 168 a fourni de nombreuses informations sur les modes de vie de l'organisme. Conformément à l'opinion selon laquelle la bactérie n'est pas un agent pathogène, aucun gène codant pour des facteurs de virulence connus n'a été trouvé. Fait intéressant, le génome a codé de nombreuses voies pour l'utilisation de molécules d'origine végétale, renforçant l'idée que cette espèce s'associe intimement aux plantes. Une observation a remis en question la croyance de longue date selon laquelle B. subtilis était un aérobie obligatoire; des gènes codant pour une putative nitrate réductase respiratoire ont été trouvés. Cela suggérait que B. subtilis devrait pouvoir se développer en anaérobiose en utilisant du nitrate au lieu de l'oxygène comme accepteur d'électrons. Croissance anaérobie de B. subtilis en présence de nitrate a depuis été démontré expérimentalement. La découverte que B. subtilis peut en effet se développer de manière anaérobie soutient davantage l'idée que la vie végétative dans le tractus gastro-intestinal principalement anaérobie des animaux est réalisable.
La séquence du génome a également révélé que B. subtilis a consacré une partie relativement importante de son génome (~ 4%) à la fabrication de métabolites secondaires. Certains de ces composés sont de puissants inhibiteurs de champignons et de bactéries et permettent probablement B. subtilis rivaliser dans le milieu naturel, favorisent la croissance des plantes et servent de probiotique.
Earl, AM, Losick, R. et Kolter, R. (2008). Écologie et génomique de Bacille subtilis. Tendances en microbiologie, 16(6), 269–275. https://doi.org/10.1016/j.tim.2008.03.004.
