Pourquoi Bacillus Subtilis est-il si largement utilisé ? PARTIE 3
"Les travaux de ces dernières années ont transformé notre vision de ce que B. subtilis peut faire dans le tractus gastro-intestinal des animaux. Dans le passé, B. subtilis était considéré comme un aérobie obligatoire qui transitait simplement par le tractus gastro-intestinal principalement anaérobie sous forme de spore. Par conséquent, tout avantage découlant de sa consommation était considéré comme étant dû à une propriété intrinsèque de la spore. Des preuves récentes suggèrent cependant que B. subtilis peut compléter son entièretécycle de vie dans le tractus gastro-intestinal allant de la spore à la cellule végétative et sporule à nouveau. En fait, la croissance dans le tractus gastro-intestinal doit être suffisamment robuste pour pouvoir supplanter les agents pathogènes tels que E. coli dans le tractus gastro-intestinal des volailles lorsqu'il est administré par voie orale." En résumé, les données actuelles suggèrent que B. subtilis' l'ubiquité apparente n'est pas uniquement une conséquence de la persistance des spores dans ces environnements. Plutôt B. subtilis semble se développer dans divers environnements, y compris les sols, sur les racines des plantes et dans le tractus gastro-intestinal des animaux. (Earl, Losick, Kolter, 2008).
Aujourd'hui, nous nous trouvons dans un âge d'or de la génomique grâce à des méthodes de plus en plus simples pour générer, assembler et analyser de grandes quantités d'informations de séquence 23. Nous n'avons plus besoin de nous fier uniquement à la géographie de l'isolement, aux comportements en laboratoire ou aux rapports anecdotiques pour obtenir une image de l'écologie d'une espèce. De plus, nous pouvons étudier les gènes présents ou absents dans n'importe quelle souche d'intérêt. L'identité des protéines censées être codées dans le génome d'un organisme peut révéler beaucoup de choses sur le mode de vie de cet organisme et les habitats où il réside. (Earl, Losick, Kolter, 2008).
Enfin, il semble que la transformation puisse effectivement contribuer à l'évolution de B. subtilis. Dans des conditions de laboratoire, les souches peuvent absorber et recombiner l'ADN génomique ajouté de manière exogène provenant de parents 58. Cela peut se produire même entre sous-espèces bien que le nombre de recombinants diminue à mesure que la parenté diminue, un phénomène appelé isolement sexuel 58. De plus, les premières expériences utilisant des microcosmes de sol stérilisés ont surveillé ce qui se passait lorsque des variantes de souches « marquées » de manière différentielle étaient mélangées. 59. Un tel échange a été observé même entre différentes espèces, par exemple B. subtilis et B. licheniformis 60. Cependant, les résultats observés étaient probablement biaisés par le choix des souches car les deux souches de laboratoire utilisées sont connues pour être beaucoup plus hautement transformables que les souches sauvages. Les recombinants «espèces hybrides» étaient également instables, ce qui suggère que les résultats pourraient ne pas être pertinents par rapport à ce qui se passe dans la nature. Il semble cependant que les populations sauvages de B. subtilis recombinent en effet leurs gènes dans la nature 30. La manière dont cet échange est médiatisé – par transformation, transduction ou conjugaison – reste à déterminer. (Earl, Losick, Kolter, 2008).
En résumé, B. subtilis est une espèce bactérienne largement adaptée, capable de se développer dans une myriade d'environnements, y compris le sol, les racines des plantes et les voies gastro-intestinales des animaux. Le B. subtilis La séquence du génome 168 a été un outil important pour nous aider à comprendre comment la croissance dans certains de ces environnements est possible. Il est maintenant clair, cependant, que le B. subtilis Le génome de 168 ne raconte pas toute l'histoire. Les analyses M-CGH ont révélé une grande variabilité entre les gènes des différents membres de l'espèce. (Earl, Losick, Kolter, 2008).
Earl, AM, Losick, R. et Kolter, R. (2008). Écologie et génomique de Bacillus subtilis. Tendances en microbiologie, 16(6), 269–275. https://doi.org/10.1016/j.tim.2008.03.004.
